Джон Гевин Малкович родился 9 декабря 1953 года, в Бентоне (по другим сведениям — в Кристофере), штат Иллинойс, США. Его родителями были очень образованные Дэниел и Джо Энн Малковичи, хорваты по происхождению. Отец издавал городскую газету «Вечерние новости Бентона», а мама занималась воспитанием пяти детей: Джона, его брата Дэнни и их сестер Аманды, Мелиссы и Ребекки. В юности Джон был очень проблемным подростком, с необузданным темпераментом, отчего родители даже выгоняли его из дома. В детстве он был очень слабым физически, но, благодаря личному упорству, к окончанию средней школы стал практически спортивной звездой школы. Выбрав профессию биолога (эколога), Джон успешно окончил Университет штата Иллинойс. Прежде чем стать кинозвездой мировой величины, Джону довелось потрудиться и водителем школьного автобуса, и клерком в универмаге.

В кино он осваивал профессии актера, режиссера, продюсера, звукооператора.

Первый выход Джона на профессиональную сцену состоялся в 1978 году в составе актерской труппы чикагского театра Steppenwolf Theatre. Они играли пьесу Сэма Шепарда Curse of the Starving Class в Goodman Theatre. Позже он блеснул в роли продажного старшего брата в «Правдивом Западе» Сэма Шепарда, в постановке режиссёра Гэри Синиза, и поддержал репутацию родного Театра «Степной волк» (англ. Steppenwolf Theatre), выиграв в 1982 году престижную премию OBIE, когда пьеса была сыграна на сценах Нью-Йорка. Два года спустя Малкович повторил свой успех, став двукратным обладателем премии OBIE, на этот раз за роль в возрожденной постановке Лэнфорда Уилсона Balm in Gilead. В том же 1984 году

Он дебютировал в роли Биффа в пьесе Артура Миллера «Death of a Salesman». К слову, в этой же пьесе его партнером был Дастин Хоффманн, игравший роль Вилли. Эта роль Малковича позднее принесла ему премию EMMY за телевизионную версию пьесы, показанную каналом CBS в 1985 году.

Годом позже публика наблюдала режиссерский дебют Малковича в пьесе Arms and the Man, сменившего на этом поприще звезду этой постановки Кевина Кляйна.

В 1984 году неизвестный актер с гигантскими актерскими способностями и выразительным профилем, Малкович снялся в двух запоминающихся ролях: фотожурналиста в The Killing Fields, и the blind boarder мистера Уилла в картине Роберта Бентона Places in the Heart. Последняя принесла ему номинацию на лучшую мужскую роль премии Американской киноакадемии «Оскар». Потом были превосходное исполнение Малковичем роли наемника Бэззи в драме Стивена Спилберга «Империя солнца» в 1987 году, и двойная роль ученого и андроида в фильме Сюзан Зейдельман (Susan Seidelman) «Создавая мистера Райта» (Making Mr. Right) (1987), проявившая недюжинный комедийный талант актера. Всемирное признание пришло к актеру с ролью очаровательного и беспринципного виконта де Вальмона в драме «Опасные связи» (1988). Всегда ищущий нетривиальных ролей, Джон приобрел права на экранизацию романа Анн Тейлор(Anne Taylor) «The Accidental Tourist», став ее эксклюзивным продюсером. Фильм, в котором играли звезды экрана Уильям Херт (William Hurt) и Кетлин Тернер (Kathleen Turner), имел огромный успех.

Дальше было гениальное воплощение роли саморазрушающегося Порт Моресби у Бернардо Бертоллуччи в «The Sheltering Sky»(1990). В «Логика королев»(Queens Logic) (1991) Малкович сыграл человека, пытающегося побороть собственные гомосексуальные наклонности. В фильме Вуди Аллена «Тени и туман» (1992), он сыграл артиста цирка, клоуна, у которого была внебрачная связь с воздушной гимнасткой, в исполнении Мадонны. Потом, в сотрудничестве с Гэри Синизом, они сняли ремейк фильма Джона Стейнбека «Мыши и люди» (Of Mice and Men)(1992). Несмотря на сильную игру, Малкович не сумел привлечь широкую аудиторию к этому проекту, по общему мнению — из-за слабого материала.

В течение последующих лет Малкович очень много снимался, получив признание не только профессионалов кинобизнеса, но и восхищенное внимание миллионов любителей кино во всем мире.

Джон очень ценит семейные узы, поддерживает близкие отношения со всеми членами своей семьи, хотя его первый брак оказался неудачен. Он был женат на актрисе Глен Хэдли (Glenne Headly) с 1982 по 1988 год. В 1990 году Малкович женился на итальянке Николетте Пейран, с которой познакомился на съемках у Бертолуччи, которому ассистировала Николетта. У них двое детей: дочь Амандин (1990) и сын Луи (1992).

Фильмография

Работы в качестве актёра (список неполный) 
 1984 Места в сердце Places in the Heart Мистер Уилл 
1984 Поля смерти The Killing Fields Алан «Эл» Рокоф, фотограф 
1985 Смерть коммивояжера Death of a Salesman (TV) Биф Ломен 
1987 Империя солнца Empire of the Sun Бэси 
1987 Стеклянный зверинец The Glass Menagerie Том Вингфилд 
1987 Мистер Правильный Making Mr. Right Dr.Jeff Peters/Ulysses 
1988 Опасные связи Dangerous Liaisons Vicomte Sébastien de Valmont 
1990 Под покровом небес The Sheltering Sky Порт Моресби 
1992 О мышах и людях Of Mice and Men Lennie Small 
1992 Дженнифер восемь Jennifer Eight Agent St. Anne 
1993 На линии огня In the Line of Fire Митч Лири 
1994 Дух тьмы Heart of Darkness (TV) Куртц 
1995 За облаками Al di là delle nuvole The Director 
1996 Мэри Райли Mary Reilly Доктор Генри Джэкилл/Мистер Эдвард Хайд 
1996 Портрет леди The Portrait of a Lady Гилберт Озмон 
1997 Воздушная тюрьма Con Air Cyrus 'The Virus' Grissom 
1998 Человек в железной маске The Man in the Iron Mask Атос 
1998 Шулера Rounders Teddy KGB 
1999 Жанна д’Арк Messenger: The Story of Joan of Arc Чарльз VII 
1999 Быть Джоном Малковичем Being John Malkovich Джон Горацио Малкович 
1999 Обретенное время In Search of Lost Time / Le Temps Retrouvé Le Baron de Charlus 
1999 Дамская комната Ladies Room Роберто 
2000 Les Misérables (miniseries) Javert 
2000 Тень вампира Shadow of the Vampire Friedrich Wilhelm 'F.W.' Murnau 
2001 Вышибалы Knockaround Guys Teddy Deserve 
2002 Адаптация Adaptation В роли самого себя 
2002 Игра Рипли Ripley’s Game Том Рипли 
2002 Наполеон(фильм) Napoleon Шарль Морис де Талейран-Перигор 
2003 Джонни Инглиш Johnny English Паскаль Саваж 
2005 Автостопом по галактике The Hitchhiker’s Guide to the Galaxy Хумма Кавула 
2005 Климт Klimt Густав Климт 
2005 Распутник The Libertine Король Карл II 
2006 Быть Стэнли Кубриком Colour Me Kubrick Алан Конвэй 
2006 Реклама для гения Art School Confidential Профессор Сэндифорд 
2006 Эрагон Eragon Король Гальбаторикс 
2006 Пьяная лодка Drunkboat Морт 
2007 Беовульф Beowulf Унферт 
2008 После прочтения сжечь Burn After Reading Озборн Кокс 
2008 Подмена Changeling Гюстав Бригле

Работы в качестве режиссёра 
2002 Танцующая наверху The Dancer Upstairs 
2002 Отвратительный человек Hideous Man

Работы в качестве продюсера 
1988 Турист поневоле The Accidental Tourist 
2000 Somewhere Else 
2001 Мир призраков Ghost World 
2001 The Loner 
2002 Танцующая наверху The Dancer Upstairs 
2002 Dragans of New York (TV) 
2004 Распутник The Libertine 
2004 Found in the Street 
2006 Kill the Poor 
2006 Реклама для гения Art School Confidential 
2007 Which Way Home 
2007 Juno 
2007 Drunkboat

Работы в качестве сценариста 
2002 Отвратительный человек Hideous Man